Instituto de Biología - Secretaría Técnica
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Laboratorio de Microscopia y Fotografía de la Biodiversidad Laboratorio de Secuenciación Genómica de la Biodiversidad y de la Salud
 
LABORATORIO DE SECUENCIACIÓN GENÓMICA DE LA BIODIVERSIDAD Y DE LA SALUD
M. en C. Laura Márquez
Solicitud de servicio (doc)
Este laboratorio cuenta con un secuenciador 3500xl (de 24 capilares) y un secuenciador Ion Torrent ambos de Life Technology.
 
 
Procedimiento de entrega de muestras
  • Se proporciona el servicio de secuencias y tipificación de fragmentos con el secuenciador de capilares y el servicio de secuenciación masiva con el equipo Ion Torrent.
 
 
Secuencias
  • Las muestras se reciben ya amplificadas y de preferencia purificadas y también se reciben muestras listas para su corrimiento en el equipo (con la reacción de secuencia y purificadas)
  • Será responsabilidad del usuario extraer, amplificar, purificar y cuantificar el ADN que desee secuenciar. Pueden solicitar asesoría en el laboratorio, en caso de ser necesario.
  • Para la purificación de productos amplificados se recomienda el uso de Exo
    Sap (USB), kits de purificación de Qiagen, Amicon, Bio Basic o Promega.
  • Para la purificación de plásmidos se pueden utilizar los kits de Qiagen o precipitación con PEG.
  • La calidad del ADN es uno de los puntos más críticos de la secuenciación automática. El templado debe estar en la concentración correcta, libre de contaminantes y disuelto en agua bidestilada estéril o con agua inyectable libre de pirógenos, y no debe estar degradado.El éxito de cualquier reacción de secuencia es directamente proporcional a la calidad del ADN proporcionado.
  • Los productos amplificados se deben entregar en la siguiente concentración, para una corrida:
 
 
Productos de PCR
  1. De 100 a 1000pb entregar 100 ng (en concentración de 20 a 100 ng/µl)

  2. De 1000 a 2000 pb entregar 200 ng (en concentración de 50 a 100 ng/µl)
 
 
Plásmidos.
  1. De cadena sencilla 400 ng (en concentración de 100 a 200 ng/µl)
  2. De cadena doble 800 ng (en concentración de 100 a 200 ng/µl)
  • Los oligonucleótidos se entregan  en una concentración de 10 picomol/µl se requieren dos microlitros para cada muestra a secuenciar. Se proveen los siguientes oligos sin cargo extra: M13F, M13R, SP6 y T7.
 
Tipificación de fragmentos
 
  • Se reciben las placas con las muestras ya preparadas (con el marcador y la muestra) o solo las muestras para ser preparada la placa en el laboratorio. Se debe especificar el fluoróforo con el que está marcada la o las muestras y la escalera a utilizar (ROX350, ROX500, LIZ500 o LIZ600).
 
 
Secuenciación masiva
  • En el caso de la secuenciación masiva se requiere que la muestra o muestras a procesar se entreguen ya purificadas, libres de contaminantes, no degradadas y de buena calidad en una cantidad promedio de un microgramo.
 
 
Entrega de Resultados
  • Los resultados de secuencias y tipificación de fragmentos se entregarán en un tiempo promedio de 10 días hábiles si la reacción se prepara en el laboratorio y en el caso de que se entreguen las muestras ya listas para su corrimiento en el equipo se entregará en 5 días hábiles, lo cual puede variar de acuerdo a la demanda El resultado se envía por correo electrónico.
  • El electroferograma de las secuencias puede visualizarse con el programa Chromas o con Sequence Scanner, ambos se pueden bajar gratis en la red. En el laboratorio hay una computadora con el programa Sequence Analysis v5.1.1 disponible para quien requiera utilizarla.

  • Es responsabilidad del usuario revisar el electroferograma para verificar la secuencia.


  • Los fragmentos se pueden visualizar con Genemarker. En el laboratorio hay una computadora disponible con el programa Genemapper v4.1.
  • En el caso de la secuenciación masiva los resultados se entregarán de 2 a 3 semanas, se entregará un reporte con el número total de bases, número total de lecturas, el tamaño de longitud promedio de las lecturas y los archivos de la corrida en formato fastq y sff.
 
 
 
COSTOS
El servicio puede ser solicitado por alumnos e investigadores del Instituto de Biología, de Biomédicas, de Ecología o de cualquier entidad de la UNAM, así como, de cualquier institución externa o empresas  que así lo requieran. El costo del servicio es variable dependiendo de lo solicitado y la procedencia del usuario, de acuerdo a la tabla siguiente:
 
Secuencias

 

Muestras sin preparar

Muestras preparadas

Institutos de Biología,
Investigaciones Biomédicas y Ecología

$50.00 (48 o mas)

$100.00 (47 o menos)
$30.00 (48 ó mas)

$50.00 (47 ó menos)

UNAM

$200.00 $60.00

Instituciones Académicas

$250.00 (incluyendo IVA) $70.00 (incluyendo IVA)

Empresas

$300.00 (incluyendo IVA) $100.00 (incluyendo IVA)
 
Tipificación de Fragmentos (costo por muestra-pozo)
Institutos de Biología,
Investigaciones Biomédicas y Ecología

$50.00

UNAM

$70.00

Instituciones Académicas

$75.00 (incluyendo IVA)

Empresas

$100.00 (incluyendo IVA)

 
Secuenciación masiva
(de cualquier entidad de la UNAM o externa)
Chip

Costo

314

$35,000.00

316

$40,000.00

318

$45,000.00

 
Las muestras con las especificaciones anteriores y el formato de solicitud se deben entregar en el Laboratorio en un horario de 9:00 a 17:00 horas de lunes a viernes.
 
 
FORMA DE PAGO
Para poder realizar el pago es necesario solicitar la cotización a las encargadas del laboratorio, si el usuario es de la UNAM se requiere que indique si el pago será con recursos de DGAPA, CONACYT, ingresos extraordinarios o recursos presupuestales. A los usuarios externos se les enviará su cotización y posteriormente su formato de pago con el cual deberán depositar la cantidad indicada. Una vez realizado el depósito favor de enviar por correo electrónico a la encargada de laboratorio a la que le solicito su cotización con copia al Lic. Mario Curiel: mcuriel@biomedicas.unam.mx
 
El servicio se cobra independientemente del resultado.
Los usuarios deben mencionar en los agradecimientos de las publicaciones la asistencia proporcionada por la técnica responsable del secuenciador.